Ibrahimović từng dính tới một số vụ ẩu đả với đồng đội trong sự nghiệp của mình. Sau một trận giao hữu với Hà Lan, đồng đội tại Ajax là Rafael van der Vaart đã tố cáo Ibrahimović cố tình gây chấn thương cho mình. Ibrahimović đáp lại rằng anh sẽ đạp gãy cả hai chân của cầu thủ này. Ibrahimović cũng từng đấm đồng đội tại Ajax là Mido sau khi anh này ném một cây kéo vào Ibrahimović.

Trong thời gian chơi cho Barcelona, Ibrahimović có quan hệ xấu với HLV Guardiola. Anh từng ném hộp đựng đồ tập luyện trong phòng thay đồ và chửi HLV này. Guardiola quyết định không nói chuyện với anh và cho Milan mượn chỉ sau một mùa. Phó chủ tịch của Barcelona, ông Carles Vilarrubi còn tiết lộ Ibrahimović đã đe dọa sẽ đánh Guardiola nếu như ông này không cho anh sang Milan.

Năm 2010, Ibrahimović dính vào một cuộc ẩu đả trên sân tập với đồng đội tại Milan là Oguchi Onyewu, sau khi anh xoạc bằng cả hai chân rồi húc đầu cầu thủ này. Tháng ba năm 2011, anh bị cấm thi đấu ba trận sau khi đấm vào bụng một cầu thủ của Bari là Marco Rossi. Anh tiếp tục nhận thêm án treo giò ba trận sau khi tát cầu thủ Salvatore Aronica của Napoli. Năm 2011, Ibrahimović đá vào mặt Antonio Cassano khi anh này đang trả lời phóng viên.